Jarðsjórinn er samsettur úr jarðsjó (65%) og ferskvatni (35%). Hitastig jarðsjávarins þegar hann kemur upp frá iðrum jarðar er það u.þ.b. 70°. En þegar það blandast við ferska vatnið fer það niður í u.þ.b. 37°. Mestur hluti jarðsjávarins rennur ofan í gljúpt hraunið, en töluverður hluti gufar upp.

 

Efnasamsetning jarðsjávarins breytist við það að efni losna úr aðliggjandi bergi, sem er mjög kísilríkt og það fellur líka magnesíum(Mg) í vatnið.  Þegar jarðsjórinn kólnar ofurmettast vökvinn af kísli (SiO) og langar keðjur af kísilsameindum myndast. Þessar kísilsameindir falla að lokum út og mynda hvíta  leðju. Leðjan lokar sprungum í hrauninu og þéttir botninn sem stuðlar enn frekar að myndun lóns. Lónið er um 200 metra breitt og nokkra kílómetra langt. Dýptin er á bilinu 1-3 metrar víðast hvar. Styrkur kísils er um 140 mg/kg, en það eru einmitt þessar kísilsameindir í vökvanum sem brjóta ljósið sem á lónið fellur þannig að blár litur myndast og þaðan fær lónið heitið Bláa lónið.

 

Í vatninu er einnig að finna natríum(Na), kalíum(K), kalsíum(Ca), koltvísýring(CO2), súlfat(SO4), klór(Cl) og flúor(F). Sýrustig lónsins er að meðaltali um 7,5 og saltmagnið 2,5%. Sumir halda að í lóninu sé mikið af saurgerlum en svo er ekki í bláa lóninu er ekkert um neina saurgerla að ræða. Ástæðan er sú að efnin sem eru í vatninu í Bláa lóninu drepa allar mannabakteríur svo virðist sem lífríkið í vatninu hafa innbyggt nokkurs konar sótthreinsunarkerfi.

 

En hins vegar eru tvær lífverur sem hafa fundist í lóninu það eru ný bakteríur sem hafa ekki fundist annað staðar í heiminum og blá þörungar.